Дейността на фонда се подпомага от администрация, организирана в отдели.
Отдел „Информация и анализи“ отговаря за събирането и обработването на информация за оценка на клиентските активи при инвестиционните посредници; събирането и обработването на аналитична информация за инвестиционните посредници във връзка с оценка на риска; анализиране и контролиране на сумите от дължимите встъпителни и годишни вноски на инвестиционните посредници; изплащане на компенсация на клиенти на инвестиционни посредници, които са в невъзможност да върнат клиентските активи в съответствие със законовите и договорни условия.
Отдел „Правен” осигурява в правно-нормативно отношение дейността на УС и председателя, разработва проекти на решения и нормативни актове, отнасящи се до дейността на фонда. Осъществява процесуално представителство и подготвя юридически становища.
Отдел „Финансово-счетоводен” организира, ръководи и контролира финансовата дейност, счетоводната отчетност и вътрешния финансов контрол във фонда. Участва в изготвянето и следи за изпълнението на бюджета за административните разходи на фонда. Съставя междинни отчети, както и годишния финансов отчет на фонда.